Durante muchos años los extraterrestres han vivido en la Tierra, mezclados con los humanos, sin que nadie lo supiese. Los Hombres de Negro son unos agentes, pertenecientes a una asociación altamente secreta del gobierno, encargados de controlar a los alienígenas. Ahora dos de estos agentes, uno veterano y otro recién incorporado, y que tienen como misión vigilar a los alienígenas que habitan en la ciudad de Nueva York, descubren a un terrorista galáctico que pretende acabar con la humanidad.

Jerry Fletcher (Mel Gibson) es un excéntrico taxista de Nueva York. Según él, el mundo se rige por conspiraciones a gran escala de las que todos somos víctimas, y ése es el principal tema de conversación con sus clientes, a quienes pone al corriente de todo tipo de tramas que dominan el mundo. Todos creen que está loco. Veterano del Vietnam, Jerry jura a todo el que se arriesga a escucharlo que la NASA está provocando terremotos y, en el próximo, asesinará al Presidente aprovechando que estará en Turquía. No cesa de acosar a Alice (Julia Roberts), joven ayudante del Fiscal que no sabe como quitárselo de encima. Pero, de pronto, los acontecimientos parecen darle la razón: unos hombres con todo el aspecto de agentes del Gobierno, lo secuestran y torturan. Tras conseguir escapar, Alice comienza a pensar que, tal vez, Jerry no esté tan loco como todos suponen.

En Nueva York, una epidemia provocada por las cucarachas provoca una terrible enfermedad que afecta a los niños. Una entomóloga crea un insecto modificado genéticamente para acabar con la terrible plaga. La epidemia desparece, pero 3 años después….